La estepa patagónica, a primera vista árida, alberga un considerable número de especies vegetales. En las primaveras que siguen a un invierno de mucha nieve o lluvia se puede apreciar la espectacular floración del desierto, incluyendo a pequeñas orquídeas como la topa-topa, la perfumada flor blanca de la mata negra y muchas otras.

Carlos Spegazzini, considerado el fundador de la botánica en la Argentina, estuvo en el área de Monte León en 1881 como parte de una expedición científica italiana. Allí identificó especies de gramíneas desconocidas hasta entonces.

El tomillo silvestre fue ampliamente usado en la cocina autóctona. La resina del calafate fue empleada a manera de "chicle" por los aborígenes tsóneca, costumbre a la que los cronistas atribuyen la buena salud y limpieza de sus dentaduras. Otras especies tienen virtudes medicinales.

Según datos de la Administración de Parques Nacionales, algunas de las especies vegetales más características del área de Monte León son:

• Anarthrophyllum rigidum (Mata guanaco)

• Atriplex sagittifolia (Sampa)

• Berberis heterophylla (Calafate)

• Bromus setifolius (Cebadilla)

• Calceolaria sp.

• Chuquiraga aurea (Quilimbay)

• Distichlis sp. (Pasto salado)

• Festuca gracillima (Coirón fueguino)

• Hordeum comosum (Cola de zorro)

• Lephydophyllum cupressiforme (Mata verde)

• Nardophyllum obtusifolium (Mata torcida)

• Nassauvia glomerulosa (Cola piche)

• N. ulicina (Cola piche)

• Poa ligularis (Coirón poa)

• Schinus poligamus (Molle)

Stipa psylantha (Coirón pluma)

• Stipa speciosa (Coirón amargo ó duro)

• Verbena tridens (Mata negra)